Agencia Uruguaya de Cooperación Internacional

La Agencia Mexicana de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AMEXCID) y la Agencia Uruguaya de Cooperación Internacional (AUCI), son las instituciones que coordinan el funcionamiento del Fondo Conjunto, a través de la Comisión de Cooperación que está encabezada por los titulares de ambas agencias. Además, se ha acordado que el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo sea el administrador de los recursos financieros del Fondo Conjunto.