Ministerio de Educación y Cultura

Descripción

Coordinadoras generales: Dra. Mariana Cosse (IIBCE-PEDECIBA-MEC) & Mag. Rosina Segui (DINACEA-MA)
Colaboradores de Coordinación: Dr. Mauricio Bonifacino, Dra. Cecilia Da Silva, Dr. Arley Camargo.

Período: 11 de marzo al 5 de abril

Semana 1: 9:30 -12:00
Semana 2: 9:30 -12:30
Semana 3: receso por semana de turismo
Semana 4:  9:00 -13:00 y 14:00 -18:00 (dos grupos)
Curso presencial en el IIBCE: Av. Italia 3318

Objetivo 

Los Códigos de Barra de la Vida hacen referencia una región específica del genoma de un organismo que permite asociar su secuencia de ADN con una única especie. La identificación de especies basada en códigos de barra de ADN transformó el enfoque tradicional del estudio de la biodiversidad. Esta metodología tiene diversas aplicaciones (trazabilidad, especies exóticas, ecología de comunidades, redes tróficas, etc.).

En el curso se discutirá esta metodología y sus aplicaciones, así como el proceso de generación y análisis de bases de datos de secuencias y creación de vouchers.

Propuesta de trabajo

1. Semana del 11 al 15 de marzo: Teórico.
2. Semana del 18 al 22 de marzo: Seminarios y presentación de propuestas de experimento práctico por parte de los estudiantes.
3. Semana del 25 29 de marzo: Receso semana de turismo.
4. Semana del 1ro al 5 de abril: Práctico.

Pautas sobre el formato de la evaluación por informe

Los estudiantes deberán entregar un informe individual sobre el práctico realizado. Dispondrán de un mes a partir de la fecha en que se les envíen los resultados de las secuencias obtenidas en la instancia práctica.

Fijaremos reuniones semanales para discutir dudas sobre el procesamiento de los datos obtenidos durante el curso.

Destinatarios

Estudiantes avanzados de grado y PEDECIBA.

Selección de participantes

El curso cuenta con una importante carga de horas de trabajo de laboratorio, es por ello por lo que tendremos un cupo limitado de estudiantes para esta actividad. La selección se focalizará principalmente en el potencial de aplicación de la metodología en el desarrollo de su posgrado, carrera profesional o técnica.

Inscripción

Enviar un mail a marianacosse@gmail.com que incluya:

• Carta de expresión de motivos en relación con su interés en participar del curso

• Breve Curriculum Vitae

Plazo de inscripción: del 21 de febrero al 8 de marzo de 2024.

Curso PEDECIBA con 7 créditos.

Temario del curso

Semana del 11 al 15 de marzo: teórico.

Lunes 11/3

9:30 – 10:30 Introducción al curso, modalidad, horarios (Dra. Mariana Cosse-IIBCE)

10:30 – 12:00 Conceptos básicos de técnicas moleculares para DNA barcoding y metabarcoding (Dra. Mariana Cosse)

Martes 12/3

9:30 -10:30 La importancia de la biodiversidad y trazabilidad genética (Dra. Susana González-IIBCE).

10:30-12:00 Biodiversidad: Acuerdos Internacionales y prioridades nacionales; Regulación de acceso a recursos biológicos: Protocolo de Nagoya de acceso a recursos genéticos e iniciativa GBIF. (Mag. Ana Laura Mello-DINABISE).

Miércoles 13/3

9:30 -12:00: Taxonomía de insectos y aportes del Barcoding. Dr. Daniel Aquino (Facultad de Ciencias Naturales y Museo - Universidad Nacional de la Plata) y Dr. Vitor Pacheco (Facultad de Agronomía, Udelar).

Jueves 14/3 (en el MNHN)

9:30 -12:00: Introducción al procesamiento de ejemplares, muestras y datos (Mag. Rosina Seguí-DINACEA). Clase de colecciones científicas MNHN. Actividad práctica: Toma de muestras; Armado de vouchers; Sesión fotográfica; Acondicionamiento de muestras para extracción de ADN (Dr. Mauricio Bonifacino (Facultad de Agronomía, Udelar & Mag. Sebastián Serra (MNHN)).

Viernes 15/3

9:30 -12:00:  Ejemplos de Metabarcoding y algunas herramientas moleculares para su optimización. Dra. Mariana Cosse.

Semana del 18 al 23 de marzo: seminarios

Las sesiones de seminarios tendrán una duración de 3hs. pero este horario podría modificarse en función del número de estudiantes ya que es una actividad obligatoria e individual.

Cada día de seminario comenzará con una presentación del docente, donde se describirá una experiencia en la que se resolvió una pregunta utilizando metodología de barcoding y/o metabarcoding. Cada uno de estos seminarios docentes tendrán una duración de unos 30 minutos.

En la misma sesión los estudiantes presentarán seminarios de no más de 15 minutos, que podrá o no tener apoyo de una presentación ppt, donde plantearán una pregunta que le resulta interesante responder por medio de las metodologías de barcoding/metabarcoding.

La formulación de la pregunta propuesta deberá tener una referencia bibliográfica como antecedente, que el estudiante debe haber leído.  Se discutirá la viabilidad de la propuesta en modalidad de taller.

Seminarios docentes:

Lunes 18/3: Ictiofauna. Dra. Verónica Gutiérrez (IIBCE) y Dr. Alejandro D'Anatro (Facultad de Ciencias, Udelar)

Martes 19/3:  Invertebrados. Dr. Vitor Pacheco.

Miércoles 20/3: Metabarcoding. Dra. Mariana Cosse.

Jueves 21/3:  Otras estrategias.

Dr. Germán Botto (IIBCE): Otras estrategias de medir conectividad entre poblaciones.

Lic. Leandro Capurro (Facultad de Ciencias, Udelar): Otras estrategias para generar secuencias tipo barcoding, con la participación de los becarios del Center for Biodiversity Genomics, University of Guelph (IDRC-ANII): Dra. Laura Montes de Oca, Dra. Claudia Elizondo, MSc. Mario Gambiasi, MSc. Natalia Rigamonti, MSc. Ary Mailhos, Lic. Leandro Capurro.

Viernes 22/3: Definición y coordinación de actividades prácticas que se realizarán a partir del 1ro de abril.

Lunes 25 al 29 de marzo: Receso por semana de turismo.

Semana del 1ro al 5 de abril: práctico

Coordinación: Dra. Mariana Cosse, Dra. Cecilia Da Silva, Dr. Guillermo Morera y Lic. Leandro Capurro.

Colaboradores: Dra. Claudia Corbi Botto, MSc. Nadia Bou, MSc. Lucía Marín, Lic. Matías González, MSc. Guillermo Morera (Depto. Biodiversidad y Genética IIBCE).

Lunes 1/4

Cada estudiante participa en uno de los dos grupos (mañana o tarde).

9:00 – 12:00 LABORATORIO Extracción de ADN (extracción de ADN de vouchers)

14:00- 17:00 LABORATORIO Extracción de ADN (extracción de ADN de muestras complejas)

Martes 2/4

09:00- 12:00 LABORATORIO PCRs (vouchers)

14:00 17:00 LABORATORIO PCRs (pcr para metabarcoding)

Miércoles 3/4

09:00- 12:00 LABORATORIO Geles y preparación de muestras para secuenciación (vouchers)

14:00 17:00 LABORATORIO Geles y preparación de muestras para secuenciación (metabarcoding)

Jueves 4/4

Bioinformática:

09:00- 12:00 Procesamiento de bases de secuencia de referencia (Dra. Cecilia Da Silva- CENUR Noreste-UdelaR)

Viernes 5/4

Bioinformática:

09:00- 12:00 Procesamiento de datos de metabarcoding (Dr. Arley Camargo - CENUR Noreste-UdelaR)

Con la participación de: