El antecedente más lejano de esta Secretaría de Estado lo constituye el Instituto de Instrucción Pública creado por el Decreto de 13 de setiembre de 1847.

La Ley 1.603 de 22 de enero de 1883 crea el Ministerio bajo la denominación de Ministerio de Justicia, Culto e Instrucción Pública. El artículo 2º autoriza al Poder Ejecutivo a “adscribir al nuevo Ministerio aquellos cometidos que a su juicio crea de oportunidad para el mejor servicio de la Administración Pública”.

El Decreto de 6 de febrero de 1891sustituye al anterior y crea el Ministerio de Fomento, al que correspondían todos los asuntos relativos a la Instrucción y Obras Públicas, vías de comunicación, inmigración, colonización, agricultura, e industrias en general.

En el año 1907, la Ley 3.147 de 12 de marzo crea en sustitución del anterior el Ministerio de Indudstrias, Trabajo e Instrucción Pública, estableciendo sus cometidos por Decreto de fecha 14 de marzo de 1907.