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Plataforma de Secuenciación Masiva IIBCE (MEC)

30/09/2020
Plataforma de Secuenciación Masiva
IIBCE (MEC)

Descripción

 

La plataforma de secuenciación masiva tiene como objetivo proporcionar metodologías de lectura masiva de ácidos nucleicos de alta tecnología a investigadores en áreas básicas o aplicadas, instituciones o empresas del ámbito público o privado, que requieran apoyo y asesoramiento técnico en el área genómica para el desarrollo y realización de diversas aplicaciones de secuenciación disponibles por la plataforma. Esta plataforma cuenta con equipamiento de última generación y recursos humanos disponibles para el desarrollo de estudios de ácidos nucleicos desde una aproximación genómica.


 

sotelo

Responsable:

 

Dr. José Roberto Sotelo Silveira
Profesor Titular de Investigación
Departamento de Genómica
Mail: sotelojos@gmail.com

 

 

cecilia

Técnico:

 

Dra. Cecilia Mathó
Técnica de Plataforma de Secuenciación Masiva
Mail: ceciliamathobq@gmail.com

 

     Teléfono: (598) 24871616 int. 112.


¿Qué es la secuenciación masiva?


La secuenciación masiva o secuenciación de próxima generación (del inglés: Next Generation Sequencing, NGS), es uno de los abordajes de alto rendimiento para la secuenciación de ADN. Esta tecnología se basa en el concepto del procesamiento masivo en paralelo de micro-reactores de secuenciación. A diferencia de los sistemas de secuenciación tradicionales, estas plataformas son capaces de generar paralelamente, y de forma masiva, lectura de millones de fragmentos de ADN. Esta tecnología de secuenciación permite el desarrollo de diferentes aplicaciones como secuenciación de exoma, genoma completo, pequeños ARNs (ej: microARNs), metilación, ChIP-Seq, Transcriptómica (RNA-Seq), etc.


La plataforma de secuenciación masiva del IIBCE cuenta con 3 secuenciadores de última generación:

  1. Ion GeneStudio™ S5 System 
  2. Ion Personal Genome Machine (PGM™) System
  3. MinION (Oxford Nanopore)

Los dos primeros se basan en tecnologías desarrolladas por Ion Torrent Systems Inc. (ahora parte de ThermoFisher Scientific). Tanto el Ion GeneStudio™ S5 System como el Ion Personal Genome Machine (PGM™) System combinan la tecnología de secuenciación de semiconductores con la bioquímica natural permitiendo traducir directamente la información química en datos digitales, eliminando la necesidad de costosas ópticas y químicas complejas para medir la extensión del ADN.
La adquisición en 2019 del Ion GeneStudio™ S5 System (gracias a la convocatoria de Actualización o Mejora de Grandes Equipos Científicos de ANII junto al apoyo de nuestro Instituto) nos permitió ampliar significativamente la capacidad de secuenciación de nuestra plataforma de 2 Gigabases (PGM) a 15 Gigabases (S5)
El MinION de Oxford Nanopore Technologies es el secuenciador más pequeño y portátil (cabe en la palma de la mano) que existe al momento, se conecta mediante un puerto USB a una computadora o servidor, posee una tasa de error mayor que los anteriores, pero permite secuenciar fragmentos largos (Kilobases) de ADN o ARN.
La elección del secuenciador a utilizar en cada caso dependerá de la aplicación, nuestro equipo brinda asesoramiento en este aspecto.


Servicios:

Secuenciación de ácidos nucleicos

Ion GeneStudio™ S5 System y  Ion Personal Genome Machine (PGM™) System

Genomas bacterianos y virales

Genoma mitocondrial

Fósmidos

Plásmidos

Paneles de genes (ej: panel de genes de cáncer)

Productos de PCR

Metagenómica basada en 16S

Transcriptomas de baja complejidad

ARNs enriquecidos o Inmunoprecipitados

ADNs enriquecidos o immunoprecipitados

Pequeños ARNs no codificantes (microARNs)

Low-pass sequencing para determinar número de copias cromosómicas

Metodologías de secuenciación y amplificación de ARN a partir de pequeñas cantidades de partida (1 a 100 células)

Asesoramiento en diseño experimental y preparación de estrategias de secuenciación masiva para diversos proyectos (asociados a Ion Torrent u otras plataformas).


Por otras aplicaciones ver

 

https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-applications.html

 

 

https://nanoporetech.com/applications

 

Análisis de la integridad de Ácidos nucleicos utilizando el Agilent 2100 Bioanalyzer:

Kit DNA 1000

Kit DNA High Sensitivity

Kit RNA Nano

Kit RNA Small

 

 

En los siguientes enlaces pueden ver algunos de los proyectos realizados utilizando servicios de la Plataforma en acción:

 

Detección de patógenos en muestras de agua:

https://www.instagram.com/p/B5S_VNMn6sM/?igshid=ajdnc5vaa2ht 

 

Desarrollo de nuevas estrategias diagnósticas a nivel genómico para la mejora de procedimientos de reproducción asistida:

https://www.youtube.com/watch?v=g7GftlxlxpU&

 

Detección de variantes de predisposición hereditaria al cáncer de colon:

https://www.youtube.com/watch?v=_m8NIPABL6k


 

Equipamiento:

Torrent Suite™ Software and server.

 

ion 

Ion GeneStudio™ S5 System™

chef 

Ion Chef™ Instrument

minilon 

MinION (Oxford Nanopore Technologies)

 

 

e 

Ion PGM™ System

c 

Ion PGM™ System

d 

Ion torrent

a 

Agilent 2100 Bioanalyzer system

f 

Ion OneTouch™ 2 System

b 

Pippin Prep system SAGE SCIENCE

 

 

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