Líneas de investigación del Departamento de Genómica
- Regulación de la síntesis de proteínas en los distintos estadíos de Trypanosoma cruzi
- Aproximaciones de single cell RNA-seq en Trypanosoma cruzi
- Variaciones en los componentes de la maquinaria traduccional de Trypanosoma cruzi
- Anotación genómica y estudios de expresión de ARNs no codificantes largos en Trypanosoma cruzi
- Análisis de datos de single cell RNA-seq para explorar variaciones en la expresión de proteínas ribosomales en distintos tipos neuronales
- Desarrollo de estrategias para la cuantificación por RNA-seq de axones individuales
- Desarrollo de protocolos de miniaturización en reacciones de biología molecular
- Detección de patógenos en superficies y muestras ambientales
- Control de la expresión génica por oligómeros de tau en la enfermedad de Alzheimer
Laboratorio de Bioinformática
Responsable: Pablo Smircich
Especializado en genómica funcional y biología molecular de kinetoplástidos y otros parásitos de importancia sanitaria en la región, el laboratorio investiga los mecanismos de regulación de la expresión génica y la biología del ARN.
Sus líneas de trabajo abarcan la caracterización estructural y funcional de genomas parasitarios, transcriptómica y regulación traduccional, redes de coexpresión génica y desarrollo de pipelines bioinformáticos para mejorar la anotación génica.
Actualmente, el laboratorio aplica tecnologías como secuenciación directa de ARN por nanoporo, single-cell RNA-seq, aprendizaje automático y predicciones estructurales para estudiar la heterogeneidad en la expresión de proteínas de superficie, caracterizar ARN largos no codificantes e inferir funciones génicas en proteínas altamente divergentes.
Además, investiga el impacto de proteínas de unión a ARN en la regulación génica a nivel transcriptómico y traductómico.
El laboratorio también participa en proyectos colaborativos nacionales e internacionales en otros sistemas biológicos, incluyendo microorganismos, helmintos y plantas, contribuyendo al desarrollo de herramientas y pipelines bioinformáticos para análisis genómicos y transcriptómicos.